L’aménagement, l'entretien, la gestion et le développement du Musée relèvent d’un syndicat mixte composé à part égale du Conseil départemental et de la Communauté d’agglomération du Grand Besançon (CAGB).
Le projet scientifique et culturel du Musée, qui ouvre sur les problématiques de l’environnement et du développement durable, existe depuis 2007 et est en cours de renouvellement.
Une attention particulière est portée au jeune public (ateliers, stages, accueil de collégiens) et au public handicapé : prêt de tablettes tactiles pour visiter virtuellement les pièces des maisons… Le Musée est lauréat du prix Patrimoines pour tous qui distingue une démarche d’excellence en matière d’accessibilité généralisée pour les personnes en situation de handicap. Il répond ainsi aux objectifs de réussite éducative et d’inclusion sociale.
Il participe au développement et au rayonnement du territoire avec une fréquentation du Musée en 2015 de 43 281 personnes.
Le Musée propose des expositions, des journées à thème et de nombreuses activités en lien avec d’autres partenaires : Chambre d’agriculture, Université, Jardin botanique…
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