Le LVD travaille en étroite collaboration avec le Groupement de défense sanitaire (GDS) du Doubs qui a été reconnu, en 2014, organisme à vocation sanitaire (OVS) animal.
Le Département intervient également pour soutenir la filière apicole via le Programme Spécifique d’Elevage mis en place par le Groupement de Défense Sanitaire Apicole (GDSA).
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