D’autres itinéraires sont traités par le Département sous la forme de voies vertes, à savoir le chemin du train entre Bonnevaux-le-Prieuré et Maisières-Notre-Dame et la voie verte Pontarlier-Gilley.
La Véloroute et les voies vertes sont destinées aux différents modes doux de déplacement : piétons, rollers, vélos, voire cavaliers (toutefois interdits sur la Véloroute).
Ces voies répondent à une forte demande de mobilité de loisir, elles permettent la circulation d’un nombre important d’usagers dans de bonnes conditions et la mise en valeur touristique du territoire environnant.
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